پوهنتون خوست نيز در مهاجرت تشکيل شده بود و بعد از استقرار حکو مت موقت بتاريخ 10/4/1382 شامل تشکيلات وزارت تحصيلات عالي گرديد و داراي چهار پوهنحي هاي طب، انجنيري، زراعت، حقوق، شرعيات و تعليم وتربيه ميباشد. مجموعا 1671 محصل را دارد و داراي 88 تن استاد مي باشد.
